Durante la invasión francesas las tropas de Napoleón, comandadas en la zona por el general Suchet, asediarán los castillos de Montalbán y Segura, plazas fuerte de los españoles, así pues el pueblo sirvió de paso de las tropas francesas, así como de los bravos guerrilleros españoles que utilizaban la zona como refugio debido a su accidentada orografía.
Tras la Guerra de la Independencia, Armillas quedará encuadrada en la recién nacida provincia de Teruel, e integrada en el partido judicial de Segura. Como antesala a la 1ª Guerra Carlista, se producen enfrentamientos entre los leales a la monarquía, y los seguidores de la república, al estilo de la vecina Francia. En 1823 se produce un enfrentamiento armado en Armillas, quedando en el campo de batalla un centenar de muertos, y saliendo victorioso el ejército leal a los monarcas comandado por León.
Durante la 1ª Guerra Carlista, 1833-1840, la comarca fue reconocida zona carlista, por donde actuó el general Cabrera, el Tigre del Maestrazgo. Salvo Montalbán que defendía los derechos al trono de los Borbones, otros pueblos como: Armillas, Segura, La Hoz, Utrillas, o Muniesa, se decantan por los ideales carlistas. El cuartel general en la zona de Cabrera se ubicaba en el castillo de Segura, plaza fuerte e inexpugnable, mientras que los isabelinos quedaban recluidos en Montalbán.
Las tropas borbónicas intentaron asaltar el castillo defendido por Cabrera, pero salieron derrotados, y en su huida hacía Montalban, a su paso por Armillas quemaron la iglesia, la cual no fue restaurada hasta 1854. En 1939 Cabrera vigilaba todas las acciones de sus tropas desde la cercana Peña Cid, que debido a su gran altura permitía observar y defender el sitio, tal y como lo hiciera el Cid Campeador ocho siglos antes. En este mismo año, Armillas pasa a pertenecer al partido judicial de Montalbán, hecho ininterrumpido hasta que en 1966 pasa al de Calamocha, continuando así hasta nuestros días.