En un principio fue proyectada con dos torres adosadas a las naves laterales. Finalmente, desconociendo porqué la segunda torre no levanto más allá del primer cuerpo, sólo se construyó la izquierda, de belleza sin igual en toda la comarca por el enladrillado del segundo cuerpo hasta el campanario, muy al gusto de la época como en Sta. María Magdalena de Zaragoza. La iglesia tenía un coro espacioso a los pies de la nave central, y sobre él otro donde se ubicaba un órgano de 21 registros.
Tal era el peso de la cubierta, con sus tres cúpulas, la elevada altura de las naves, y sus finas columnas, que gran parte de ella se derrumbó, teniendo que ser reconstruida en 1780. Se desconoce cuando se resolvió construir solamente una cúpula, la de San Ramón Nonato, sí en este percance o cuando fue incendiada durante la 1ª Guerra Carlista.
En la iglesia se conservaban reliquias de varios santos que fueron traídas desde Italia por un fraile mercedario en 1624. En su amplia sacristía se guardaban utensilios, alhajas, y ornamentos para las liturgias, de oro y plata, valiosas obras de arte expoliadas a lo largo de los tiempos. Era tal la grandeza del edificio que albergaba ocho altares, además del dedicado al titular de la iglesia San Juan Bautista, dichos altares eran: Dolores, San Ramón Nonato, Rosario, San Vicente Ferrer, San Antonio de Padua, Purísima, Almas, y San Antonio Abad. Anexo a ella se encontraba el cementerio, a la manera de los cementerios de los conventos, dentro del casco urbano.
Se desconoce el porqué de una edificación tan majestuosa en un pueblo que en el s. XVIII sólo lo habitaban aproximadamente 225 personas, ya que la edificación de mayores dimensiones que otras de pueblos con mucha más población. Quizás la respuesta sea la ubicación de algún convento en la zona que financiara las obras de la iglesia, la cual utilizaban para sus liturgias particulares, ya que como anteriormente se ha dicho existían numerosas ordenes eclesiásticas en la comarca. Además de la iglesia dentro del pueblo, se contaba con varias ermitas, la ya citada dedicada a San Antón, además de las de, el Pilar, la Purísima, y San Ramón Nonato. Hoy en día solamente en píe las dos primeras.