A partir de 1396 la Sexma del río Martín, a la cual pertenece Armillas, pagará el diezmo a la Diócesis de Teruel, en vez de a la Encomienda de Montalbán. Durante un período de tiempo XV-XVIII este pago se realizará a la Diócesis de Zaragoza, a la cual pertenecerá el pueblo.
En 1495 son censadas en Armillas, 35 casas o fuegos, en población significa a razón de 4 habitantes por casa, unos 150 pobladores del pueblo. En el año 1500 se edifica una ermita dedicada a San Antonio de Padua, conocida como San Antón, dada la devoción del pueblo hacia el Santo, y gracias a la ayuda del cabildo. Desde entonces se ha celebrado una romería a la ermita desde el pueblo.
A final del s. XV, y debido a las injusticias sufridas por el pueblo aragonés desde la unión con Castilla, se producen altercados en toda la Corona de Aragón. Sirva como ejemplo la acción de Juan de San Miguel, natural de Armillas, que representando a un grupo de paisanos se dirige a las Cortes de Aragón denunciando el agravio comparativo frente al pueblo castellano, y la no observancia de las leyes propias del Reino, los Fueros de Aragón. Como consecuencia de todos los altercados, D. Juan de Lanuza, Justicia de Aragón, muere asesinado por orden de Felipe II rey de España.
En 1714, y como consecuencia del apoyo brindado por los aragoneses al archiduque Carlos de Austria durante la Guerra de Secesión, Felipe V mediante sus "Decretos de Nueva Planta" abolió los Fueros de Aragón.
En 1765 se finalizó la construcción de la iglesia de San Juan Bautista en Armillas. Se trata de una edificación de estilo neoclásico, bastante capaz, de tres naves muy elevadas, con paredes lucidas en yeso según la costumbre de la época. En la cubierta se sitúan tres cúpulas, claro exponente de la grandeza del edificio, en el crucero, en el altar del Sto. Cristo, y la tercera en el altar de San Ramón Nonato.